El Museo de Rapa Nui depende administrativamente de la Subdirección Nacional de Museos de la Dirección de Bibliotecas, Archivos y Museos de Chile (DIBAM) y su equipo de trabajo se organiza en las siguientes áreas:
Dirección
- Directora: Paula Valenzuela Contreras
- Jefa administrativa: Noelia Silva Solar
Arqueología y colecciones
- Curador: Francisco Torres Hochstetter
- Museólogo:Mario Tuki Villanueva
Biblioteca
- Jefa de biblioteca: Katherine Atan Retamales
- Encargada de sala: Flora Vásquez Pakomio
Extensión
- Encargada extensión: Marlene Hernández Vásquez
Atención de usuarios
- Encargada de sala: Jimena Olguín Navarro
Mantención
- Encargado Mantención: Edgardo Hormazábal Meza
